শ্রীশ্রী চৈতন্য মহাপ্রভুর শ্রীমন্দির পানিহাটি আনুমানিক ২০০ বছর পূর্বে এই মন্দির প্রতিষ্ঠিত হইয়া ছিল।পানিহাটির মধ্যে শুধুমাত্র এই মন্দিরে  শ্রীচৈতন্য মহাপ্রভু ষড়ভূজরুপে বিরাজ করছেন।মন্দিরে প্রতিষ্ঠিত ষড়ভূজ মূর্তির প্রথম দুই হস্তে ধনুর্বাণ, ক্রেতাযুগের প্রভু রামচন্দের প্রতীক, মাঝে দুই হস্তে দ্বাপরের শ্রীকৃষ্ণচৈতন্যদেবের দণ্ড (করঙ্গ) ও কমন্ডুলু ।    শ্রীকৃষ্ণচৈতন্যদেব তাঁর প্রিয় ভক্ত পণ্ডিত সার্বভৌমের নিকট তাঁর ষড়ভূজরুপ প্রকাশ করেছিলেন।গৌরাঙ্গ মহাপ্রভু এবং নিত্যানন্দ প্রভুর ডান পাশের সিংহাসনে জগন্নাথ-সুভদ্রা-বলরাম প্রতিষ্ঠিত আছেন।আর মহাপ্রভুর বামপাশে আরেকটি সিংহাসনে শ্রী শ্রী রাধাকৃষ্ণের বেশ বড় চিত্রপট এবং তার সামনে রাধাকৃষ্ণের যুগল মুরতি।সিংহাসনের নীচের দিকে গৌরাঙ্গ মহাপ্রভুর চরণ চিহ্ন স্মৃতি ফলকে সযত্নে রক্ষিত আছেন।